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衛生福利部疾病管制署表示，行政院於今 （2014）年4月11日同意停止H7N9流感中央流行疫情指揮中心運作，H7N9流感的各項監測及防治措施回歸常態機制，並由「行政院禽流感及重大人畜共通傳染病防治聯繫會議」繼續掌握與辦理協調工作，以落實各項防疫措施，俾保全及延續防疫成果，確保國人健康。
指揮中心自去年4月3日成立迄本年4月11日止，共運作374天，期間召開24次指揮中心會議，參與單位/人員包括，農委會、交通部、教育部等24個中央部會、22個縣市政府及傳染病防治醫療網各區正副指揮官等。H7N9流感疫情經上開單位/人員協力推動各項監測與防治措施/政策，特別是在去年5月17日實施的傳統市場禁宰禁販活禽政策，已清除人禽介面禽流感傳播之最大風險，達成國內過去10年來未竟之重要任務。
H7N9流感中央流行疫情指揮中心是因應中國大陸去（2013）年3月底發生H7N9流感疫情，由行政院依傳染病防治法同意於去年4月3日成立，並指派衛福部疾病管制署張峰義署長擔任指揮官，統籌跨部會資源設備及人員，統一指揮、督導及協調中央及地方政府各機關因應疫情。指揮中心在H7N9流感第一波疫情（去年3月至5月）發生時，迅速整合各部會資源實施傳統市場活禽禁宰/禁販等政策妥善因應，並同時強化疾病監測通報網絡、邊境檢疫措施、實驗室檢驗診斷能力，及醫療體系收治量能、院內感控等應變作為；又於去年10月出現第二波較嚴峻的疫情時，即以前開應變機制因應，有效防杜疫情。迄今我國累計通報574例H7N9流感病例，僅2例確定病例（皆為中國大陸移入）。
依世界衛生組織（WHO）公布資料，全球自去年迄4月14日計420例H7N9流感確診病例，均為中國大陸本土/輸出病例，依WHO本年2月28日公布之H7N9流感風險評估，8成個案具禽類接觸/暴露史；目前尚無證據顯示病毒出現普遍人傳人的現象；H7N9流感的感染風險未改變。另第二波疫情已呈下降趨勢，近期為零星散發病例，分布省市亦減少。
對於未來長期H7N9流感防疫工作之執行，將回歸常態運作機制。相關資訊請參劑e病管制署全球資訊網（http://www.cdc.gov.tw），或撥打民眾疫情通報及諮詢專線1922洽詢，如話機無法撥打簡碼電話號碼，請改撥0800-001922防疫專線。